L'EPUICI est organisée de la manière suivante [À VALIDER selon les statuts en vigueur] :
- La Convention nationale : instance suprême, réunie chaque année.
- Le Bureau exécutif : Président, Vice-Président, Secrétaire, Trésorier, Directeur missionnaire.
- Les districts : chacun conduit par un superviseur.
- Les départements nationaux : Jeunesse, Femmes, Hommes, École du dimanche, Missions, Institut biblique.
- Les églises locales : plus de 160 assemblées, chacune sous la conduite d'un pasteur.
Le Bureau exécutif
AFFA Ohouo AntoinePrésident
KOFFI N'Da JustinVice-Président
DJEDJE GervaisSecrétaire
ALLICO JustinTrésorier
ASSOLI Kouakou EtienneDirecteur missionnaire